Por 1689 las tierras originarias fueron propiedad del Capitán Luis Romero de Pineda, parajes donde cabalgaban indios Querandíes, Calchaquíes y Timbuenses.

Con el tiempo se fueron sucediendo traspaso de tierras, entre el Capitán Romero de Pineda, Don Lorenzo Villaruel, el Coronel Damaso Centeno hasta que finalmente, el 23 de marzo de 1861, fue Don José Avila quien compro las tierras en un remate a Doña Cecilia Fernandez viuda de Centeno.

Don Avila, compro la fracción por el monto de $ 2.800,95  y en dicha escritura figuraba la operación : "Don Jose Avila compra un terreno de pastoreo situado en la cañada Ludueña en este departamento que da principio donde terminan las dos leguas de la costa del rió Paraná, y se compone de 1095 varas de frente y dos leguas de fondo".

Luego del fallecimiento de Don Avila y su señora, las tierras son recibidas en herencia por Doña Modesta Avila de la Torre y fué Don Tomás de la Torre (esposo de Doña Modesta), quien a mediados de 1874 realizó las gestiones para fundar el pueblo originariamente conocido como San José y también como Loma de Ávila.

El 5 de febrero de 1875, el Diario La Capital de Rosario, publicaba las primeras noticias acerca de la fundación del pueblo San José, hoy ciudad de Funes.

El 20 de Agosto de 1875 se fundó oficialmente el pueblo de San José (Funes). La promulgación de una ley de colonización autorizó su creación, con la firma del entonces Gobernador de Santa Fe Servando Bayo.

La primera denominación, aún cuando se trataba de un proyecto, fué Loma de Avila; luego San José, nombre que tenía doble significado. Por un lado, hablaba de la primera idea de crear un pueblo de recreo como San José de Flores (Buenos Aires), para las clases acomodadas de la zona, y en segundo término era el nombre de pila del suegro de De la Torre. También, fue llamado por los lugareños, San José de los Sapos, debido a la abundancia de los batracios de la zona.

En 1888, el Político y exitoso empresario Pedro Lino Funes, compra al Sr. De la torre, la mayoría de la extensión del pueblo de San José, siendo también grandes terratenientes de esa época, Zenon Pereyra y Justiniano Adalid.

En 1893, aunque no tuvo gran aceptación popular, el nombre del pueblo de San José fue cambiado a Pueblo de Funes, tramite propulsado por su flamante comprador, Don Pedro L. Funes.

La primera Comisión de Fomentos del Pueblo de Funes, fue formada en 1898, y estuvo formada por los señores José Vesco, Eusebio Lanzone (quien posteriormente presentó su renuncia ocupando su cargo el Sr. José Mangiaterra) y Antonio Uliasci. La localidad contaba con una población cercana a los 1000 habitantes y ya eran 2 los colegios que educaban a la población.

El Ferrocarril:

La mayoría de los pueblos vecinos a la villa de San José nacen por iniciativa de la compañía de tierras del Ferrocarril Central Argentino (conformado en 1869), comenzando así una colonización por favorecer a los intereses de la empresa inglesa ferroviaria. El nacimiento de la colonia y la implementación de una estación en el centro de cada una da seguridad ya que aprovecha el medio de comunicación y transporte.

Tomás de la Torre, acertadamente, toma el tendido ferroviario Rosario-Córdoba como referente y funda la localidad con un trazado casi simétrico en relación al mismo. Recién en 1875, consigue que el tren se detenga en San José, por un sistema de banderas para indicar el ascenso de un pasajero.

La primera denominación de la estación fué Bandera, luego Avila y posteriormente, en franco disenso, Funes. El edificio se construyó en Mayo de 1875 y el 1º Jefe de Estacion fue el Sr. Juan Murray quien desarrolló ese trabajo hasta 1914.

El pueblo creció alrededor de la estación: almacén de ramos generales, bar, estafeta postal, escuela, sociedad de fomento...y así la sociedad se desarrolla, crece sostenidamente conservando la idea original del fundador. Era un auténtico pueblo de recreo, como lo publicó 'La Capital' el 6 de Febrero de 1875.

Patrona:

La parroquia Nuestra Señora del Carmen fué inaugurada el 10 de noviembre de 1912. Carmen Lejarza y Estela Jaccuzzi, ambas presidentas honorarias de la comisión de damas, contribuyeron al sostenimiento de la que en principio había sido una capilla. La señora Lejarza, por quien lleva el nombre la parroquia, trajo desde Europa la imagen de la Virgen Del Carmen y así resultó impuesto como Santa Patrona. Su festejo es el 16 de Julio.

Funes alcanza el status de Ciudad en 1991.